Balai Besar Laboratorium Kesehatan Makassar (BBLK Makassar) yang terletak di jalan Perintis Kemerdekaan KM 11 Makassar merupakan UPT vertikal milik Kementerian Kesehatan RI yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktorat Jenderal Pelayanan Kesehatan. Berdiri di atas lahan seluas 9.854 m2, BBLK Makassar hadir dengan tugas pokok melaksanakan pelayanan laboratorium klinik, uji kesehatan dan laboratorium kesehatan masyarakat, serta pemberian bimbingan teknis di bidang laboratorium kesehatan, khususnya untuk wilayah Indonesia Timur. Sejarah BBLK Makasssar di mulai pada tahun 1929 oleh Pemerintah Belanda berada di Jalan Jendral Sudirman 5 Ujung Pandang, kemudian diserahkan ke Pemerintah Indonesia pada tahun 1946, dibawah pimpinan DR. Woworuntu Samuel Wellel Tanamal. Pada tahun 1978, nama laboratorium berubah menjadi Balai Laboratorium Kesehatan dengan SK Menkes No. 142/Menkes/SK/IV/1978 berada dibawah Direktur Laboratorium Kesehatan Ditjen Yankes. Fungsi dari laboratorium tersebut adalah melaksanakan pemeriksaan meliputi pemeriksaaan mikrobiologi, kimia air, patologi klinik, dan imunologi, dan melaksanakan sistem rujukan (refferal) laboratorium kesehatan.

Pada tahun 1986, Balai Laboratorium Kesehatan berubah menjadi UPT pusat berada dibawah Kepala Pusat Laboratorium Kesehatan Sekretariat Jenderal Departemen Kesehatan RI dan menjadi institusi penghasil PNPB (Pendapatan Negara Bukan Pajak). Perubahan tersebut diatur dalam SK Menkes No. 783/Menkes/SK/XI/1986. Tahun 1992 melalui Keputusan Menteri Kesehatan RI No.563/MENKES/SK/VII/1992 tentang Susunan Jabatan dalam Lingkungan Organisasi Balai Laboratorium Kesehatan Departemen Kesehatan, Balai Laboratorium Kesehatan Provinsi Sulawesi Selatan digolongkan sebagai laboratorium kelas A.

Tahun 1995 lokasi Laboratorium Kesehatan Prov. Sulsel di pindahkan ke Jl. Perintis Kemerdekaan KM. 11 Tamalanrea Makassar melalui Ruislag (tukar guling).
Dalam perjalanan selanjutnya Balai Laboratorium Kesehatan Makassar statusnya meningkat menjadi Balai Laboratorium Kesehatan kelas A dengan Eselon III.a sesuai Keputusan Menteri Kesehatan Nomor: 1063 /MENKES/SK/IX/2004 dengan struktur organisasi dipimpin oleh seorang Kepala Balai dibantu Kasub Bagian Tata Usaha dan dua Kepala Seksi (Seksi Laboratorium Klinik & Kesmas, dan Seksi Pengendalian Mutu).

Tanggal 31 Juli 2006, status Balai Laboratorium Kesehatan Makassar meningkat menjadi Balai Besar Laboratorium Kesehatan (BBLK) Makassar dengan eselon IIb, berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan RI No. 558/MENKES/PER/VII/2006. Dengan Eselon II.b tersebut maka BBLK Makassar dipimpin oleh seorang Kepala Balai dibantu seorang Kepala Bagian Tata Usaha dan dua orang Kepala Bidang (Bidang Laboratorium Klinik & Kesmas dan Bidang Pengendalian Mutu). Kepala Bagian Tata Usaha dibantu dua orang Kepala Sub Bagian (Subbag Perencanaan dan Keuangan dan Subbag Umum dan Kepegawaian). Sedangkan Kabid Laboratorium Klinik dan Kesmas dibantu dua kepala seksi (Seksi Laboratorium Klinik dan Seksi Kesmas), dan Kabid Pengendalian Mutu dibantu dua orang kepala seksi (Seksi Pemantapan Mutu dan Seksi Diklat dan Litbang).

Tanggal 25 September 2008, Balai Besar Laboratorium Kesehatan Makassar memperoleh sertifikat Akreditasi ISO 17025 dari Komite Akreditasi Nasional/KAN No. LP-400-IDN. Setelah peningkatan status dari eselon IIIa ke eselon II.b, BBLK Makassar memulai proses selanjutnya untuk menjadi Instansi Pemerintah yang menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (PPK BLU). Melalui serangkaian proses pengusulan ke Ditjen Bina Pelayanan Medik dan presentasi di depan Tim PPK BLU Kementerian Keuangan, maka terhitung tanggal 5 Februari 2010 melalui Keputusan Menteri Keuangan No. 56/KMK.05/2010, Balai Besar Laboratorium Kesehatan Makassar ditetapkan sebagai instansi pemerintah yang menerapkan pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum. 21 Maret 2013 Balai Besar Laboratorium Kesehatan Makassar sebagai laboratorium penguji vide Sertifikat Akreditasi SNI ISO/IEC 17025:2008 (ISO/IEC17025:2005). Dalam rangka peningkatan mutu, cakupan pelayanan rujukan laboratorium kesehatan regional dan telah ditetapkannya Balai Besar Laboratorium Kesehatan sebagai Instansi Pemerintah yang menerapkan PK-BLU, maka tahun 2013 disesuaikan strukurnya sesuai dengan perkembangan yang ada melalui Peraturan Menteri Kesehatan RI No. 52 TAHUN 2013 tanggal 22 Juli 2013.